三江源地区草地退化严重，鼠虫害猖獗。据统计，退化、沙化草地面积已达1000多万公顷，占到青海省可利用草地面积的53％。草地产草量明显下降，草原鼠害面积550万公顷，占可利用草场的28％。 三江源地区土地沙漠化加速发展。据有关部门统计，沙漠化土地面积已达250万公顷，而且土地荒漠化和草地退化速度仍在不断加快，这些沙化的土地现在每年要向长江、黄河输送泥沙1亿多吨。 三江源地区是高原生物多样性最集中的地区，然而由于生态环境的恶化和人为破坏，这一地区的生物多样性种类和数量锐减。国家一级保护野生动物－－藏羚由原来的10万余只下降到了现在的3万余只，马麝已濒临灭绝，白唇鹿、马鹿、雪豹等国家级野生保护动物数量锐减。